Quand le congé maladie est-il déduit du salaire ?

La Direction générale de la Fonction publique a confirmé que la retenue sur salaire au titre d’un congé maladie immédiatement suivi de jours de repos hebdomadaire ou de jours fériés payés doit correspondre uniquement au nombre de jours du congé maladie, c’est-à-dire de sa date de début à sa date de fin, sans inclure ces jours de repos ou jours fériés.

Dans une instruction n° 4 datée du 13 août 2026, portant clarification de certaines dispositions légales et réglementaires relatives aux absences des fonctionnaires et agents publics au sein des institutions et administrations publiques, adressée aux responsables des ressources humaines de ces institutions et administrations, la Direction générale de la Fonction publique a précisé que lorsque la période du congé maladie, comprise entre sa date de début et sa date de fin, inclut le jour de repos hebdomadaire, à savoir vendredi et samedi, ou des jours fériés payés, ceux-ci sont comptabilisés et déduits de la durée du congé maladie.

En revanche, lorsque plusieurs congés maladie discontinus sont pris et que leur authenticité est sujette à caution, l’organisme employeur peut ouvrir une enquête à leur sujet, en coordination avec les parties concernées, conformément à l’article 203 de l’ordonnance n° 06-03. S’il est établi qu’ils ne sont pas authentiques, ils sont considérés comme des congés maladie de complaisance, qui ne peuvent être acceptés pour justifier l’absence. Ils donnent lieu à une retenue sur salaire et à une sanction disciplinaire.

Est également considéré comme un congé maladie de complaisance et soumis aux mêmes procédures que celles prévues au paragraphe précédent, tout congé maladie dont la réception n’a pas été visée par les services de la Caisse nationale des assurances sociales.

L’effet juridique des absences non autorisées et non justifiées

L’article 207, paragraphe 2, de l’ordonnance n° 06-03 fixe, selon la correspondance consultée par El Khabar, la sanction applicable en cas d’absence injustifiée. Il dispose que « toute absence injustifiée du travail est sanctionnée par une retenue sur salaire proportionnelle à la durée de l’absence, sans préjudice des sanctions disciplinaires prévues par le présent statut ».

Ainsi, précise la Direction générale de la Fonction publique, toute absence totale ou partielle du travail, sans autorisation préalable ou motif valable, doit automatiquement entraîner une retenue sur salaire, en tant que mesure prise par l’organisme employeur. Celle-ci peut également concerner les primes et indemnités liées au rendement et à l’évaluation des performances.

Une telle absence constitue également une atteinte à la discipline générale et une faute professionnelle nécessitant l’engagement de poursuites disciplinaires à l’encontre du fonctionnaire ou de l’agent concerné, après avoir recueilli ses explications écrites.

Dans ce contexte, la Direction générale de la Fonction publique précise que les sanctions disciplinaires auxquelles peut être exposé le fonctionnaire concerné, en plus de la retenue sur salaire, sont déterminées selon les critères fixés par l’article 161 de l’ordonnance n° 06-03 portant statut général de la Fonction publique, en fonction du degré de gravité et de l’impact de l’absence.

À titre d’exemple, ces sanctions peuvent relever des premier et deuxième degrés en cas de manquement au devoir de discipline et à l’ordre général. Elles sont alors prononcées par l’autorité ayant pouvoir de nomination, après avoir recueilli les explications écrites du fonctionnaire.

Elles peuvent également relever du troisième degré en cas d’absences injustifiées répétées ou lorsque celles-ci ont entraîné une perturbation du bon fonctionnement du service public.

La retenue sur salaire s’applique également aux retards par rapport aux horaires officiels de travail ou aux départs anticipés sans autorisation préalable ni motif valable. Les périodes sont cumulées jusqu’à atteindre l’équivalent d’une journée complète, donnant lieu à la retenue du salaire d’une journée entière, ainsi qu’à une sanction disciplinaire, conformément aux modalités détaillées.

L’autorité ayant pouvoir de nomination peut également prononcer la révocation pour abandon de poste, après mise en demeure, lorsque le fonctionnaire s’absente pendant quinze (15) jours consécutifs sans motif valable, conformément aux dispositions de l’article 184 de l’ordonnance n° 06-03.